(Nid yw'r nodyn hwn yn rhan o'r Rheoliadau)
Mae'r Rheoliadau hyn yn gosod y weithdrefn y mae'n rhaid ei dilyn pan fydd Cynulliad Cenedlaethol Cymru, mewn gorchymyn o dan adran 69(3) o Ddeddf Safonau a Fframwaith Ysgolion 1998 fel y'i cymhwysir i ysgolion annibynnol erbyn adran 124B, a fewnosodwyd i fewn i Ddeddf Safonnau a Fframwaith Ysgolion 1998 gan Reoliadau Ysgolion Annibynnol (Cyflogaeth Athrawon Mewn Ysgolion gyda Chymeriad Crefyddol) 2003 yn dynodi ysgol annibynnol yn ysgol grefyddol ei chymeriad. Mae adran 124B(2) o Ddeddf Safonau a Fframwaith Ysgolion 1998 yn darparu bod rhaid i orchymyn o dan adran 69(3) ddatgan y crefydd neu'r enwad crefyddol y darperir yr addysg neu y rheolir yr ysgol yn unol â'i daliadau.
Mae rheoliad 4 yn darparu bod rhaid i berchennog ysgol annibynnol wneud cais i'r Cynulliad Cenedlaethol am orchymyn o dan adran 69(3) ac mae'n dangos beth y mae'n rhaid ei gynnwys yn y cais hwnnw. Caiff y Cynulliad Cenedlaethol ymgynghori ag unrhyw gorff crefyddol y mae'n barnu ei fod yn briodol ynghylch cais yr ysgol.
Mae rheoliad 5(1) yn nodi'r amgylchiadau sy'n ei gwneud yn ofynnol i'r Cynulliad Cenedlaethol wneud gorchymyn sy'n dynodi ysgol annibynnol yn ysgol grefyddol ei chymeriad. Mae rheoliad 5(2) yn nodi'r amgylchiadau sy'n caniatáu i'r Cynulliad Cenedlaethol wneud gorchymyn sy'n dynodi'r ysgol annibynnol yn ysgol o gymeriad crefyddol.
Mae rheoliad 6 yn darparu bod rhaid i'r Cynulliad Cenedlaethol ddiwygio gorchymyn dynodi mewn perthynas ag ysgol os yw'n fodlon ei fod yn sylweddol anghywir a phryd y mae'n rhaid iddo ymgynghori â pherchennog yr ysgol ynghylch y gwaith diwygio hwnnw.
Nid yw datganiad bod enwad crefyddol ysgol yn Gatholig Rhufeinig yn penderfynu a yw'r ysgol honno yn Ysgol Gatholig yn ôl cyfraith ganonig.