Wrth arfer eu swyddogaethau o dan y Ddeddf hon, rhaid i Weinidogion Cymru a’r Comisiwn roi sylw i bwysigrwydd diogelu’r rhyddid o fewn y gyfraith i ddarparwyr addysg drydyddol yng Nghymru i reoli o ddydd i dydd mewn ffordd effeithiol a medrus.