115.Mae adran 99 yn rhoi effaith i Atodlen 5, sy'n cynnwys mân ddiwygiadau a diwygiadau canlyniadol o ganlyniad i'r darpariaethau yn Rhannau 2, 3 a 5 o’r Ddeddf hon.
116.Ymhlith pethau eraill mae'n diwygio Mesur Byrddau Addysg Esgobaethol 1991. Mesur Eglwys Loegr yw hwn. Tra bo Cymru gyfan, bron, o fewn ffiniau'r Eglwys yng Nghymru, mae ambell blwyf ym Mhowys yn ffurfio rhan o esgobaeth sydd o fewn Eglwys Loegr.
117.Gallai diwygiadau i Fesur Eglwys Loegr fod wedi cael eu gwneud gan y Ddeddf hon, gan Ysgrifennydd Gwladol Cymru o dan adran 150 o Ddeddf Llywodraeth Cymru 2006, gan Ddeddf Seneddol y DU neu gan Fesur Eglwys Loegr. Ceisiodd Llywodraeth Cymru farn Eglwys Loegr ar y mater hwn a sicrhau bod yr Ysgrifennydd Cyffredinol i Gyngor yr Archesgobion yn cytuno i'r diwygiadau sydd i’w gwneud gan y Ddeddf hon.